의료비 세액공제 계산 — 총급여 3% 문턱과 한도, 난임·미숙아 공제율

작성: 핀테크 한입 에디터 | 세금·연말정산 정보  ·  최종 수정: 2026.10.27
본 글은 국가법령정보센터의 소득세법(2026년 7월 1일 시행본) 제59조의4제2항과 소득세법 시행령(2026년 10월 1일 시행본) 제118조의5 원문을 대조해 정리한 일반 정보입니다. 실제 공제액은 연말정산 자료와 회사의 계산에 따라 정해집니다.

의료비 세액공제는 쓴 돈 전부가 아니라 총급여의 3%를 넘는 부분부터 계산합니다. 그래서 같은 병원비를 써도 누구를 위해 쓴 돈인지, 총급여가 얼마인지에 따라 공제액이 크게 달라집니다. 아래에서 공제율과 한도, 3% 문턱을 빼는 순서, 들어가는 비용과 빠지는 비용을 차례로 보겠습니다.

1. 누가 받을 수 있나

근로소득이 있는 거주자가 대상입니다. 일용근로자는 빠집니다(소득세법 제59조의4제1항·제2항). 공제받는 사람이 기본공제대상자를 위해 지급한 의료비가 대상이며, 이때 기본공제대상자의 나이와 소득 제한은 적용하지 않습니다(제2항). 소득이 있어 인적공제는 못 받는 부모님이라도, 생계를 같이하는 등 나머지 요건을 갖추면 그 의료비는 넣을 수 있다는 뜻입니다.

또 근로자가 직접 부담한 의료비여야 합니다. 실손의료보험금으로 돌려받은 금액은 의료비에서 뺍니다(시행령 제118조의5제1항).

2. 공제율과 한도

구분(제59조의4제2항) 누구를 위한 의료비 공제율 한도
제1호 일반 아래 제2~4호에 해당하지 않는 기본공제대상자(배우자, 6~64세 부양가족 등) 15% 연 700만원
제2호 특정 본인, 과세기간 개시일 현재 6세 이하, 과세기간 종료일 현재 65세 이상, 장애인, 중증질환자·희귀난치성질환자·결핵환자 15% 없음
제3호 미숙아·선천성이상아 시행령이 정한 미숙아·선천성이상아 치료비 20% 없음
제4호 난임시술 「모자보건법」에 따른 보조생식술 비용(관련 처방 의약품 포함) 30% 없음

연 700만원 한도는 제1호 일반 의료비에만 붙습니다. 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 등을 위해 쓴 의료비와 미숙아·난임시술비에는 법에 금액 한도가 적혀 있지 않습니다.

3. 총급여 3% 문턱을 빼는 순서

3% 문턱은 한 번만 뺍니다. 법은 순서를 정해 두었습니다.

  1. 제1호 일반 의료비에서 먼저 뺍니다. 일반 의료비 중 총급여×3%를 넘는 금액이 공제 대상이고, 700만원까지입니다.
  2. 일반 의료비가 3%에 못 미치면 모자란 금액을 제2호 특정 의료비에서 뺍니다.
  3. 제1·2호 합계도 3%에 못 미치면 모자란 금액을 제3호(미숙아 등)에서, 그래도 모자라면 제4호(난임시술)에서 뺍니다.

공제율이 높은 난임시술비가 문턱을 가장 마지막에 떠안도록 짜여 있습니다.

4. 계산 예시 — 총급여 5,000만원

문턱은 5,000만원 × 3% = 150만원입니다.

경우 지출 계산 세액공제
A 배우자 400만원, 본인 100만원 일반 (400−150)×15% = 37.5만원
특정 100×15% = 15만원
52.5만원
B 배우자 100만원, 본인 300만원 일반이 문턱에 50만원 모자람 → 특정 (300−50)×15% 37.5만원
C 난임시술 500만원만 제1~3호 0원 → 난임에서 150만원 차감 (500−150)×30% 105만원
D 배우자 1,000만원 (1,000−150) = 850만원 → 한도 700만원 × 15% 105만원

위 금액은 법 조문의 계산식만 적용한 것입니다. 실제로는 결정세액을 넘어서 공제받을 수 없는 등 다른 규정이 함께 적용되므로, 납부할 세금이 적은 사람은 계산값보다 덜 줄어들 수 있습니다.

5. 들어가는 비용과 빠지는 비용

항목(시행령 제118조의5제1항) 조건·한도
의료기관 진찰·치료·질병예방 비용 「의료법」 제3조의 의료기관에 지급한 것
치료·요양용 의약품(한약 포함) 건강증진용 의약품은 제외(제2항)
장애인 보장구, 처방받은 의료기기 구입·임차 의료기기는 의사·치과의사·한의사 등의 처방이 있어야 함
시력보정용 안경·콘택트렌즈 1명당 연 50만원 이내
보청기 구입 비용
노인장기요양급여·장애인활동지원급여 본인부담금 실제 지출한 본인부담금
산후조리원 출산 1회당 200만원 이내

빠지는 것: 미용·성형수술 비용, 건강증진을 위한 의약품 구입비(제2항), 실손의료보험금으로 보전받은 금액(제1항).

자주 묻는 질문

Q. 부모님이 연금을 받아 인적공제 대상이 아닌데 병원비를 넣을 수 있나요?

의료비 공제는 기본공제대상자의 나이와 소득 제한을 받지 않습니다(제59조의4제2항). 소득 때문에 인적공제가 안 되는 경우라도 나머지 요건(생계를 같이하는 부양가족 등)을 갖추고 근로자가 직접 부담했다면 대상이 될 수 있습니다. 해당 여부는 회사 연말정산 담당자나 국세상담센터 126에 확인하세요.

Q. 실손보험으로 돌려받은 병원비는요?

시행령 제118조의5제1항은 실손의료보험금으로 지급받은 금액을 의료비에서 뺀다고 정하고 있습니다. 돌려받은 만큼은 공제 대상이 아닙니다.

Q. 아이가 7살인데 6세 이하에 들어가나요?

나이 기준은 과세기간 개시일(1월 1일) 현재 6세 이하입니다. 같은 해라도 1월 1일 현재 나이로 판단하며, 65세 이상은 반대로 과세기간 종료일(12월 31일) 현재로 봅니다(제59조의4제2항제2호).

Q. 안경을 가족 셋이 맞췄으면요?

안경·콘택트렌즈는 기본공제대상자 1명당 연 50만원 이내라 사람마다 따로 한도가 붙습니다(시행령 제118조의5제1항제4호).

공식 확인처

  • 국가법령정보센터 — 소득세법 제59조의4제2항 (2026년 7월 1일 시행본)
  • 국가법령정보센터 — 소득세법 시행령 제118조의5 (2026년 10월 1일 시행본)
  • 국세청 홈택스 — 연말정산 간소화 서비스, 의료비 자료 조회
  • 국세상담센터 126

본 글은 일반 정보이며 세무 자문이 아닙니다. 개별 공제 해당 여부는 국세상담센터 126이나 관할 세무서에 확인하세요.

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